연구자들은 인간배아에 대한 강력한 유전자편집기술을 사용하는 것에는 엄격한 규제가 필요하다는데 동의하고 있다. 하지만 왜 이러한 규제가 필요한가에 대해서는 의견이 나누어지고 있다. 일부 과학자들은 만일 안전성에 대한 공포가 진정된다면 이러한 기술의 적용은 밝은 미래를 가져다 줄 것이며 치명적인 질병을 박멸하는데 도움을 줄 것이라고 보고 있다. 하지만 다른 과학자들은 배아의 DNA를 조작하는 것, 즉 다음 세대에 조작된 유전적 특질을 전달하는 것은 윤리적으로 넘어서는 안될 문제라고 주장하고 있다. 

이러한 우려는 지난 3월 12일 <네이처>지에 발표된 논문에서 제기되었으며 <사이언스>지에도 이러한 논문에 발표될 것이다. 하지만 이러한 와중에 과학자들은 이미 인간배아의 유전자를 편집하고 있다는 의심이 증폭되고 있다. 유전자 편집기술은 뉴클레아제라고 불리는 효소를 사용해서 특정한 지점에서 DNA를 잘라내고 이 지점에서 유전정보를 지우거나 다시 쓰는 것이다. 최근에 특히 사용하기 쉬운 기술인 CRISPR/Cas9라고 불리는 기술에 집중하고 있다. 현재 이 기술의 적용은 생식세포 또는 체세포가 아니다: 예를 들어 캘리포니아의 리치몬드에 위치한 <상가노 바이오사이언스 (Sangano Biosciences)>사는 좀 더 오래된 유전자 편진기술인 아연집게 뉴클레아제 (zinc finger nucleases)를 사용했다. 이 기술을 이용해서 HIV 바이러스가 세포에 침투하기 위해 결합하는 수용체를 부호화하는 백혈구를 제거했다. 

하지만 이 유전자 편집 기술을 통해서 난자나 수정된 난자를 조작할 수 있다는 문제 (이 과정을 생식세포 조작으로 알려져 있다)에 대한 우려가 제기되고 있다. 워싱턴 DC의 <재생의학연합 (Alliance for Regenerative Medicine)>의 의장이면서 상가노의 대표인 에드워드 랜피어 (Edward Lanphire)는 이 조직의 연구자들과 함께 <네이처>지에 발표된 논평논문에서 과학자들은 배아조작을 하지 말라고 주장했다. 저자들은 이러한 연구는 아기의 눈동자 색깔과 같은 ‘비치료용 목적의 조작’에 사용될 수 있으며 체세포에서 유전자 편집의 사용이 가져올 수 있는 윤리적인 문제에 대해 경고하고 있다. 이들은 또한 좀 더 기본적인 부분에서 반대하고 있다. 랜피어는 “우리는 인간이지 이식유전자 실험쥐가 아니다. 우리는 인간의 생식세포주를 조작하는데 있어서 넘지 말아야할 윤리적인 선이 있다고 생각한다”고 주장했다. 

매사추세츠의 보스턴에 위치한 하버드 의대소속 유전학자인 조지 처치(George Church)는 배아에 대한 편집연구에 대한 모라토리엄이 이루어져야 한다는데 동의했지만 단지 “안전성 문제가 해결되고 일반적인 합의가 이루어질 때까지 모라토리엄이 이루어져야 한다”고 주장했다. 캘리포니아의 나파 (Napa)에서 만난 과학자 그룹과 함께 처치는 이 과정의 윤리문제와 잠재성을 논의했으며 이 우려문제에 대해 <사이언스>지에 발표된 논문의 저자이기도 하다. 

한 가지 우려는 이 뉴클레아제가 표적된 지점 이외 지점에서 돌연변이를 일으켜 잠재적으로 질병을 일으킬 수 있다는 문제이다. 처치는 동물에서 유전자 편집은 이 부작용을 어떻게 이해하고 피할 것인가를 밝혀야 한다고 주장했다. 한 가지 적용분야에서 그의 연구팀은 인간화된 돼지의 배아에서 면역시스템과 연관되는 유전자를 편집하면 잠재적으로 돼지의 기관을 사람에게 이식하는데 문제가 없을 것이라고 보고 있다. 

다른 안전성의 문제는 체세포에 대한 실험에서 나타날 수 있다. 상가노는 이미 HIV에 감염된 사람에 대한 임상실험에서 조작된 백혈구세포의 안정성을 입증했다고 주장했다. 처치는 생식세포주의 편집에서 일어나는 근본적인 문제가 없다고 본다. 그는 심지어 체세포치료는 아직도 인공적인 형태의 조작이라고 지적했다. 그는 배아의 유전자 편집과 인공수정을 비교하면서 안전성이 검증될 때까지 사람들은 이 실험을 반대해야 한다고 주장했다. 

매사추세츠 대학 우스터 (University of Massachusetts in Worcester)의 노벨상을 수상한 유전학자인 크레이그 멜로 (Craig Mello)는 “먼 미래에 조작된 생식세포주가 암이나 당뇨병 그리고 다른 노화와 연관된 질병으로부터 보호될 수 있을 것이다. 폐기된 배아 또는 연구목적을 위한 배아줄기세포를 가지고 실험을 하는데 문제는 없을 것”이라고 말했다. 하지만 랜피어는 부모가 질병을 일으키는 유전자를 갖고 있는 경우에 모든 커플들이 수정란이 잘못된 유전자를 갖고 있는 것은 아니다. 현존하는 기술은 유전적인 심사에 사용되고 있으며 자궁에 착상되기 전에 건강한 배아를 선택하는데 사용되어 영구적인 생식세포의 회복의 필요가 없다. 그는 “항상 대안은 있기 마련이다”라고 말했다. 

하지만 처치는 질병에 연관되는 몇 가지 유전자와 연관되는 알려진 사례의 숫자가 증가하면서 대부분 배아는 폐기될 필요가 있다. 유전자 편집은 건강한 배아를 얻을 수 있는 가능성을 높일 수 있다. 솔트 레이크 시티의 유타 대학에 재직 중인 유전학자인 다나 캐롤 (Dana Carroll)은 국립과학아카데미와 같은 국립기관들은 의학전문가들과 연관그룹들을 모아 회의를 수집하여 이 생식세포주의 편집의 긍정적이고 부정적인 측면을 논의해야 한다고 말했다. 이들은 서둘러 이러한 회의를 소집해야 한다: 익명으로 <네이처>지와 인터뷰를 한 몇몇 과학자들은 이러한 연구를 논의한 논문은 현재 학술지에 발표를 고려하고 있다고 전했다. 캐롤은 또한 유전자 편집에 대한 차세대 의사들을 교육하는 것이 매우 중요하다고 주장했다. “이 기술이 할 수 있는 것과 사회적이고 임상적인 우려가 무엇인가를 배워야 할 것”이고 캐롤은 말했다.